后来蚩尤崛起，带领巫族重新争夺天下。而与之争夺天下的就是人族轩辕。
这更加深了三清的担忧，因为九凤并没有参与进来。如果九凤参与了胜负就更难预料了。
但是受到天地规则所限制，圣人不能随意动手。
所以他们一直在寻找帮手。直到他们找到了昊天大帝，昊天大帝也是野心勃勃，想要发展和壮大天庭。所以他也在寻找盟友。
这几个人碰到一起，正好一拍即合。昊天大帝帮助三清除掉九凤，三清帮助昊天完善神仙体系，壮大天庭。
于是他们设计将九凤骗到了凌霄金顶，有昊天亲自出手偷袭九凤。
九凤对此毫无防备，一下子就身受重伤，但是她不愧是十二祖巫下面最厉害的大巫。她借助玄冥巫法逃出了昊天大帝的攻击。
但是她不知道这一切是三清在背后策划的，她逃到了元始天尊的玉虚宫宫中，寻求元始天尊的保护。
元始天尊假意安抚住她，但是暗中通知了昊天，并且将玉虚宫让给昊天行凶。
当昊天再一次出现在九凤面前，九凤才知道自己一直都在上当受骗。
只不过九凤大巫确实有本事，她再一次逃出了昊天的追击。逃回了十万大山之中，到了万霄重水后面的石洞中养伤。