（一）朴素唯物论的气一元论
皇甫谧继承了先秦以来气一元论的唯物论观点，认为气是构成世界万物的根源。他说，天赋于生生之机，气赋于物质基础，两相结合，万物才有化生之机。由于所受元气不同，便形成多种多样的自然界万物，产生了事物之间的差异。体现在四时上，有春气、夏气、秋气、冬气之分；体现在自然现象上，有风气、雷气、谷气、雨气之别；体现在气的质地上，有清气、浊气之分。正是这个气，成为天地万物的本原。皇甫谧认为，不仅自然界是由气构成的，人作为自然界的一部分，也是禀气而成。两性之精气相结合后，产生新的生命。
（二）朴素的辩证法思想
皇甫谧在坚持自然界是物质的，万物有共同的物质本原的同时，还提出气分阴阳，一切事物都是在阴阳二气的矛盾运动中发展变化的，从而出现事物的盛衰荣枯。在《针灸甲乙经》中，皇甫谧以阴阳这两个概念揭示事物相互依存、制约、转化的关系，指出阴阳相互依存，失去一方，另一方也就不存在了；阴阳又相互转化，寒极生热，热极生寒；阴阳之间相互制约，清阳之气下降为雨，要经过地之阴气的凝聚作用，浊阴之气上升为云，也要经阳气的蒸发作用，任何一方的变化，都要受到对方的制约。显然，皇甫谧已经看到了事物之间对立统一的变化规律，而这正是朴素辩证法的基本要素。以阴阳变化来揭示事物的发展变化，并非自皇甫谧始，先秦学者早就有所阐发。但皇甫谧作为一个既是思想家，又是医学家的学者，用大量人体例证来说明阴阳变化，就使得这一思想更为直观、充实，从而也就更具有科学说服力。